สำนักงานเลขานุการกรม
สำนักส่งเสริมการมีส่วนร่วม
กองการเงินและบัญชี
สำนักชลประทานที่ 1
 
สำนักกฎหมายและที่ดิน
สำนักชลประทานที่ 2
 
กองแผนงาน
สำนักชลประทานที่ 3
 
กองพัสดุ
สำนักชลประทานที่ 4
 
ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
สำนักชลประทานที่ 5
 
สำนักเครื่องจักรกล
สำนักชลประทานที่ 6
 
สำนักบริหารโครงการ
สำนักชลประทานที่ 7
 
สำนักทรัพยากรบุคคล
สำนักชลประทานที่ 8
 
สำนักวิจัยและพัฒนา
สำนักชลประทานที่ 9
 
สำนักสำรวจด้านวิศวกรรมและธรณีวิทยา
สำนักชลประทานที่ 10
 
สำนักออกแบบวิศวกรรมและสถาปัตยกรรม
สำนักชลประทานที่ 11
 
สำนักบริหารจัดการน้ำและอุทกวิทยา
สำนักชลประทานที่ 12
 
สำนักพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง
สำนักชลประทานที่ 13
 
สำนักพัฒนาแหล่งน้ำขนาดใหญ่
สำนักชลประทานที่ 14
 
สำนักจัดรูปที่ดินกลาง
สำนักชลประทานที่ 15
 
กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
สำนักชลประทานที่ 16
 
กลุ่มตรวจสอบภายใน
สำนักชลประทานที่ 17
 
กลุ่มกิจกรรมพิเศษ